新疆有新疆大学、塔里木大学、新疆农业大学、石河子大学、新疆医科大学、新疆师范大学、喀什大学、伊犁师范大学、新疆财经大学、新疆艺术学院、新疆工程学院、昌吉学院、新疆警察学院、新疆理工学院、新疆第二医学院等55所大学。
一、新疆大学
新疆大学（Xinjiang University），简称“新大”，位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐，是教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”的综合性全国重点大学、国家“双一流”建设高校、国家“211工程”建设高校、国家西部大开发重点建设高校。
二、塔里木大学
塔里木大学（Tarim University），简称塔大，位于新疆维吾尔自治区阿拉尔市，是一所以农科为优势，以生命科学为特色，农、理、工、医、文、管、经、法、教育、艺术、历史等多学科协调发展的综合性大学，为新疆生产建设兵团和教育部共建高校，是国务院学位委员会批准的首批具有学士学位授予权的本科院校。
三、新疆农业大学
新疆农业大学（Xinjiang Agricultural University），位于新疆乌鲁木齐市，是自治区重点建设的一所农业高等院校，是国家林业局与自治区人民政府共建高校，入选中西部高校基础能力建设工程、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家“特色重点学科项目”、国家首批“卓越农林人才教育培养计划”改革试点高校。
四、石河子大学
石河子大学（Shihezi University），简称“石大”，位于新疆石河子市，由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“双一流”建设高校、部省合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校、国家“中西部高校综合实力提升工程”和“中西部高校基础能力建设工程”高校。
五、新疆医科大学
新疆医科大学（Xinjiang Medical University）位于新疆乌鲁木齐，是新疆唯一一所独立建制的医学院校，为省部委共建高校、卓越医生教育培养计划项目试点高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、自治区首批来疆留学高校示范基地。
学校前身为新疆医学院和新疆中医学院，两校分别始建于1954年和1946年；1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学。
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西藏共有10所大学。
名单分别为西藏大学、西藏民族大学、西藏藏医学院、西藏农牧学院、西藏警官高等专科学校、拉萨师范高等专科学校、西藏职业技术学院。
部分学校介绍
1、西藏大学
西藏大学是西藏自治区所属的综合性大学，“211工程”重点建设大学，西藏自治区人民政府与教育部共建高校，2013年5月列入中西部高等教育振兴计划，2013年7月成功获批为博士学位授予单位。
2、西藏民族大学
西藏民族学院位于古都咸阳渭水之滨，是西藏自治区所属的一所办在内地的民族高等学校。她是西藏创办最早的高等学校，其前身是1958年建校的西藏公学。1965年，经国务院批准，改为西藏民族学院。学院校训为“爱国、兴藏、笃学、敬业”。
建校51年来，西藏民族学院认真贯彻党的教育方针，不断提高教育质量和办学效益，使学校得到了很大的发展。今天的西藏民族学院已经具备了较强的办学实力，已发展成为一所以文为主，文、理、经、法、管、教育相结合的多学科的现代化高等学校。
3、西藏藏医药大学
西藏藏医学院坐落在闻名世界的日光城拉萨，位于雄伟壮丽的布达拉宫东北侧，占地面积82133平方米，建筑面积32281.63平方米。校园环境优美，设施齐备，传统文化特色浓厚。
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