一般来说自考一个专业只对应一个主考学校，但部分专业因其特殊性会有几个主考学校，如中山大学因退出自考舞台，其原先开设专业也转移至其它几个主考院校，其中的行政管理学、计算机及应用等都有多个主考学校。
自考中每一专业唯一对应一个主考院校，但也有个别专业，专科段和独立本科段是由不同的学校来主考的，把所学专业全部通过并经过毕业论文答辩合格后就颁发主考院校的毕业证书，但并不等于只有主考院校能开设这个专业的学习，只要具有高等教育资质的学校，经当地省考委批准后可开设由其他学校主考的专业。
在申请毕业论文的时候，你可以选择一个主考院校作为你的论文答辩院校或各专业有一个论文答辩的指定院校，一般情况下论文答辩院校就是你的主考院校，也就是你毕业证加盖印章院校。
(一)对开设的自学考试专业有较高的教学水平和雄厚的专业师资力量:
(二)有完善的实验(实践)基地和相配备的教师队伍;
(三)对开设的自学考试专业具有学士学位授予权:
(四)有健全的自考管理机构和完成工作任务相应的专职人员。
有些考生可能不太注重专业方面的选择，最终的目的只是想要拿到更高学历的证书以及对学习的体验，如果是属于这种情况，自考主考院校的选择是重要的。因为当考生不太注重专业选择的时候，首选当然是名气以及综合实力相对较好的院校，如果考生有选择报自考助学班的话，主考院校的地理位置也相当重要，最好当然是选择离自己较近的院校。
其次自考主考院校的作用并没有通常认为的那么重要，自考本科生在选择专业后并不会到主考院校就读，说白了，获得的毕业证上会盖有主考院校的章，自考主考院校在自考本科生考试期间承担的是实践环节考核的评定，并不会参与自考本科生的教学工作，所以严格来说自考本科生并不属于主考院校的学生。
