普通本科文凭是正规全日制学历，自考本科文凭是非全日制学历，带有成人教育性质，另外自考毕业证书上写着普通高等教育自学考试，而普通本科的证书写着普通高校教育毕业证书，含金量更高。
1、文凭不同
自考本科属于非全日制成人教育，是第二学历，而普通本科属于全日制统招本科文凭，是第一学历，普通本科是社会生最受认可的学历形式，但是二者都是国家承认的正规文凭，学信网上都可以查到的。
2、入学方式不同
普通本科需要参加每年6月份的高考，考试难度较大，而且面向的都是高中毕业生，而自考本科没有入学考试，是宽进严出，而且招生对象也没有明确限制，只要是中国公民都可以报考。
3、学制年限不同
普通本科一般学制都是四年，医学类的可能五年，而且是全日制学习，自考本科几年考完几年毕业，没有学制年限的要求，而且主要靠考生自学，也可以报考辅导班。
中华人民共和国公民，不受性别、年龄、民族、种族、学历、身体健康状况、居住地等限制(不限制户口，可在异地报考毕业)，均可按省级自学考试机构规定的时间和地点报名参加考试。自考本科考生办理本科毕业证书时，必须交验国家承认学历的专科及以上学历证书原件，否则，不给办理本科毕业证书。
