建设工程结算审核是对施工单位在工程竣工或年度终了时，与建设单位所办理的工程价款结算的审计。由于工程规模、特点及要求的繁简程度不同，施工企业的情况也不同，因此需选择适当的审核方法，确保审核的正确与高效。
1.1全面审查法
这是逐一地全部进行审查的方法。此法优点是全面、细致，经审查的工程结算差错小、质量较高，缺点是工作量大，对于一些工作量较小、工艺比较简单的一般民用建筑工程，编制结算的技术力量比较薄弱，可采用此法。
1.2重点审查法
这是抓住工程结算中的重点进行审查的方法。选择工程量较大、单价较高和工程结构复杂的工程，如一般土建工程中的基础、墙、柱、门窗、钢筋混凝土梁板等；补充单位估价子目，计取的各项费用及其计算基数和标准。
1.3分解对比审查法
这是把一个单位工程按直接费和间接费进行分解，然后再把直接费按分部分项进行分解或把材料消耗量进行分解，分别与审查的标准结算或综合指标进行对比的方法。如发现某一分部工程价格相差较大，再进一步对比其分项详细子目，对该工程量和单价进行重点审查。此法的特点是一般不需翻阅图纸和重新计算工程量，审查时可选用1～2种指标即可，既快又正确。
1.4用标准预算审查法
对于全部采用标准图纸或通用图纸施工的工程，以事先编制标准预算为参考审查结算的一种方法。采用标准设计图或通用图纸施工的工程，在结构和做法上一般相同，只是由于现场施工条件的不同有局部的改变。这样的工程结算就不需逐项详细审查，可事先集中力量编制或全面详细审查标准图纸的预算，作为标准预算，以后凡采用该标准图纸或通用图纸的工程，皆以该标准预算为准，对照审查。局部修改的部分单独审查即可。这种方法的优点是审查时间短，效果好。缺点是适用范围小，只能针对采用标准图纸或通用图纸的工程。
1.5筛选法
筛选法是统筹法的一种。同类建筑工程虽然面积、高度等项指标不同，但是它们的各分部分项工程的单位建筑面积的各项数据变化却不大。因此，可以把建筑各分部分项工程的数据加以汇集、优选。归纳出其单位面积上的工程量、价格及人工等基本数值，作为此类建筑的结算标准。以这类基本数值来筛选建设工程结算的分部分项工程数据，如数值在基本数值范围以内则可以不审，否则就要对该分部分项工程详细审查。如果说所审查的结算的建筑标准与“基本数值”所适用的建筑标准不同，则需进行调整。筛选法的优点是审查速度快、发现问题快，适用于住宅工程或不具备全面审查条件的工程。
工程结算审计质量是指工程结算审计工作的优劣程度。从广义角度看，它是指工程结算审计工作的总体质量，包括相应的管理工作质量和业务工作质量。从狭义角度讲，它是指工程结算审计业务工作的质量，包括审计准备、实施、报告等一系列过程的工作效果及达到审计目的的程度。
