根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十条规定：“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票；特殊情况下由付款方向收款方开具发票。”也就是说，开具发票的前提是销售商品、提供劳务等而取得了生产经营收入，且是对外发生的经营业务行为，总分公司并不是对外的，故不需要开具发票。直接签订协议入账即可。
签订协议，以协议入账，分公司作为费用、总公司作为收入，对总分机构之间因总机构提供管理服务而分摊的合理管理费，通过总分机构自动汇总得到解决，不会缴纳企业所得税。
