农村土地承包经营权的账务处理如下：
1、按照长期股权投资来确认、计量产权交易。
若将土地的转让权作为无形资产，转让权按照土地未来经济收益的折现值或土地转让权交易的市场价计量，按成本法来投资，账务处理如下：
借：长期股权投资，
贷：无形资产—转让权，
对于作为投资方的农业经济组织账务处理为：
借：固定资产—土地，
贷：实收资本，
对于从事土地规模经营的农业经济组织，它接受到的是作为固定资产的土地经济利用价值，而"实收资本"表明该经济组织的土地产权实质属于某投资者，同时按照实质重于形式原则，将土地作为该经济组织的资产来处理。
若将土地的转让权作为无形资产（转让权按照土地未来经济收益的折现值或土地转让权交易的市场价计量）按权益法来投资，则账务处理为：
借：长期股权投资—成本，
贷：无形资产—转让权，
农业经济组织的会计处理与成本法一样。
2、按照经营租赁形式来确认、计量产权交易。
在实际中农民大多厌恶土地经营风险，特别是土地的自然风险,他们在转让土地使用权时，常一次性或分几次获得其稳定的土地转让收入，其土地使用权在实际中充当抵押品。由于土地产权属于原转让农民,并且土地的寿命是无限的，交易只能是经营租赁形式，因此转让方的会计处理为：
借：银行存款，
贷：无形资产—转让权，
投资方的会计处理为：
借：固定资产—土地，
贷：银行存款，
如果不考虑资金的时间价值：
借:银行存款，
贷：无形资产—转让权，
借：银行存款，
贷：其他应收款，
投资方相应的会计处理为：
借：固定资产—土地
贷：银行存款，
如果考虑资金的时间价值，则交易双方均将其作为财务费用处理。
