执业药师注册的时候是查社保的。执业药师注册的时候会填写相关工作单位，申请填好之后药监部门会对执业医师在单位的社保情况进行查询，目的就是为了避免出现执业药师证外挂的情况出现。
执业药师证是从事药物相关工作的重要资格认证，是由国家颁发的，具有很高的权威性。而且国家为了严格控制管理药物使用，在药物生产、销售和使用单位都采用严格的资格认证上岗制度，如果是在这些单位中从事药物工作的人员没有执业药师证，那么就是属于违规行为。并且考取执业药师证也不容易，不仅需要医药学、中药学相关专业的大专以上学历，并且还有跟学历对等的工作经验年限限制。
正是因为国家对执业药师证管理这么严格，所以一些没有执业药师证员工的单位，就会采用让有执业药师证的持证人外挂在自己单位，这样就符合国家对于药物相关单位必须有执业药师证持证人的规定。国家为了杜绝这种违规行为出现，就采用了执业药师注册制度，注册的时候申请人需要填写详细的工作单位，而且在药监部门还会对申请人在用人单位的社保情况进行查询，只有缴了社保才证明持证人是真实在用人单位进行工作的。
在这样严格制度的规范下，现在药品的生产、流通、销售和使用情况才能够保持健康的状态，否则很容易出现药物使用不当而造成的严重后果。
