卓尼县县域属秦岭东西向复杂构造带的西部，亦称西秦（岭）。
地貌大部分为中低山地形，地势西南高，东北低。最高点为南部札伊克嘎峰，海拔4920米，最低为东北部藏巴哇地区，海拔2000米，高低相差2920米。卓尼县南部为东西走向的迭山山脉，构成县境内的屋脊；迭山以北为洮河水系切割的中岱地形，除海拔3600米以上部分为裸露岩石外，其余为茂密森林和山地草场，河谷地带则形成许多冲积滩地；中部为高原丘陵地貌为主，河谷开阔；北部由武当山等诸多山峰形成北部屏障，呈破碎的高山地貌形态。
