工程营业税的税率是5.39%。
由以下几种合计：
1、营业税：按工程结算款计算缴纳营业税，税率3%。
2、个人所得税：按工程结算款计算缴纳个人所得税，税率1%3、城建税：按营业税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为7%；纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%；纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为1%。
4、教育费附加：按营业税计算缴纳，税率3%。
5、印花税：按建筑安装工程承包合同金额的0.3%0计算缴纳。《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。第二十六条纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。第二十八条税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
