9个内设机构；下属30个预算单位。
设有办公室(行政审批服务处)、政策法规处、文物保护处、博物馆处、文物市场管理处(文博产业管理处)、考古科研处、计划财务处、组织宣传处(人事处、对外联络处)、安全保卫处9个内设机构和机关党委、工会(团委)、离退休干部处，另设北京市文物监察执法队。上级业务主管部门是国家文物局。
根据市编办批准，市文物局下属事业单位共30个，其中：全额拨款事业单位28个，自收自支事业单位2个。主要分以下三类：一是公益性对外开放博物馆19个(其中免费开放博物馆7家)；二是机关服务中心、信息中心及代行政府职能的北京市文物工程监督站、北京市文物进出境鉴定所等其他文物单位9个；三是自收自支事业单位2个。
