第一，领导主体不同。
所谓的垂直管理，就是这个机构由上级的业务部门来进行管理，而不是由同级的党委政府来进行管理。
第二，工作方式不同。
这里的工作方式主要是指在有关的业务工作方面，垂管单位的工作安排主要是上级业务部门在进行，垂管部门一般只向上级业务部门汇报和负责，出现问题和情况一般也向上级业务部门反馈。
第三，保障主体不同。
一般来说，垂管单位的人员经费、运转经费等的保障都是由上级业务部门来负责。而只有直管单位是由当地的党委政府来负责。
