不只是国土面积小的原因。日本的矿产资源少，主要原因是日本的地质构造运动激烈且断层多，地面将近2/3为新生界及新期火成岩之喷出岩，导致矿床小、矿层薄、矿石杂质含量高。
从矿产资源的品种上看，日本并不是矿产资源贫乏的国家，日本具有世界上绝大多数矿产资源，但矿床太小，品位低，杂质含量高，大多属于“鸡窝矿”，很少有具备开采价值的大矿、好矿，包括煤炭、黑色和有色金属等矿产。在日本的矿藏中，煤、石灰石、硫磺以及铜、铋等的蕴藏量相对较大。煤主要分布在北海道和九州。日本煤炭蕴藏量约为86亿吨，但已探明的可开采储量仅为10亿吨，这当中有2/3靠近海域，水份和瓦斯含量高，开采费用高。
在金属矿中，铜的蕴藏量和开采量都居前列。铜矿区达2000余个，以本州岛为主要产地。
