主要的区别是专业设置有所不同，另外考生对两个校区的看法是合肥的是本部校区，宣城校区是分校区，所以录取分数线合肥的校区高于宣城校区。录取分数的差异。由于合肥校区和宣城校区存在上述两点差异，导致学校在招生时候，宣城校区的录取分数，要比合肥校区整体上会低上5-10分。
当然了，随着近十年间，合肥工业大学在宣城校区的持续不断投入，以及宣城市政府对于学校的大力支持，宣城校区也迎来了比较好的发展。两个校区之间的这种差距是在逐渐缩小的。
