2018年9月30日之前的旧食品生产许可证编号由英文大写QS与三段4位阿拉伯数字组成。
其中前4位阿拉伯数字为受理机关所在地级市（地区、州、盟）编号，具体按行政区划代码区分；中间4位阿拉伯数字为产品类别编号，其中前两位表示大类，共28项，后两位表示小类；后4位阿拉伯数字为该产品类别获证企业序号，由发证机关按发证顺序给出。一般分段印刷。
例如：
广州市某一月饼获证企业编号为：QS4401 2401 1234
4401为广州市区划代码。
2401为糕点（月饼）产品类别编号。
1234是糕点类别企业序号。
2015年10月1日起实行的新的食品生产许可证编号以“SC”（“生产”的汉语拼音首字母）开头，后接13位阿拉伯数字和1位验证位，实际印刷时一般不分段。
13位阿拉伯数字中：前三位为企业主要生产的食品类型代码；中间6位为发证机关所在的省（自治区、直辖市）市（地区、州、盟、直辖市的区县）县（市辖区、县级市、自治县、旗、自治旗等）代码，与本地现行身份证号码前6位相同；后4位为获证企业序号，由发证机关按发证顺序给出。
最后一位为验证位，为十个阿拉伯数字或者大写英文字母X，为前13位数字通过算法获得值除以11的余数，X表示余数为10。
例如，同一保健饮品“东鹏特饮”有两家生产厂商，为广州市东鹏食品饮料有限公司、安徽东鹏食品饮料有限公司，两家企业的生产许可证编号分别为SC 127 440183 0074 9和SC 106 341111 0001 0，“127”和“106”表示两家企业分别主要生产保健食品和一般饮品，“440183”和“341111”分别代表广东省广州市增城市、安徽省滁州市南谯区，0074和0001代表制造商，最后的9和0为验证位。
以上示例中，同一产品的两个生产许可证编号出现两个不同的食品类型，这是新制度“一企一证”的结果，即企业生产多种食品，但仅使用一张生产许可证书，证书编号中的食品类型为企业最主要生产的食品类型，与之前QS认证“一品一证”的定义不同，QS认证规定一家企业生产几种食品就得持有几张生产许可证书。因此，对于同一种食品，QS认证编号中类型代码一定相同，SC认证中的类型代码可能不同。
